Дипломиран професор в Международния славянски университет-Москва от 2003 г.
Преподавал е в Славянския университет (1995-1999), Нов български университет (1999-2002) и Пловдивски държавен университет „Паисий Хилендарски” (след 2009 г.).
Изнасял е лекции в университетите в Илиноис и Кълъмбъс в САЩ (2008 г.) и Карловия университет в Прага, Чехия (2009 г.).
Член на Изследователския борд на Американския биографичен институт. Член на Научния съвет на Македонския научен институт (1998-2002). Почетен председател на изложенията „Културен туризъм 2008”, „Културен туризъм 2009” и „Културен туризъм 2010” във Велико Търново.
Председател на Националния специализиран експертен съвет за опазване на недвижимите паметници на културата към Министъра на културата на Р България (от 2010 г.).
Член на Научния съвет на Националния археологически институт-БАН. Член на Националния обществен съвет за определяне „Чудесата на България” през 2011 г. (бел: Според интернет-гласуване на над 1 млн души разкриваните от екипа на Н. Овчаров тракийски светилища Перперикон и Татул се наредиха на 2 и 4 място в общобългарската класация).
Директор на частния Институт за изследване на Средновековието към Велик приорат-България на Ордена на рицарите-тамплиери. Велик офицер към същата организация. Удостоен с титлата „академик” на Българската академия на науките и изкуствата, 2012 г.
От декември 2014 г. е съветник на Министъра на културата на Република България.
Интересите на проф. Николай Овчаров са в областта на древното изкуство, архитектура и епиграфика, проблемите на средновековната история, като и на морската история и археология. Член на колектива, разкрил южните части на царския дворец на Симеон във Велики Преслав. Научен ръководител е на проучванията, при които бяха намерени уникалните епископски златни одежди и проучен средновековния манастир „Св. Йоан Продром” в Кърджали. Венец на археологическата му дейност е разкриването на скалния град Перперикон и светилището на Орфей край с. Татул в Източните Родопи.
Николай Овчаров е провел е експедиции в Русия, Гърция, Турция, Грузия, Сърбия и Черна Гора, Република Македония. Изнасял е доклади и лекции на десетки конгреси, конференции и симпозиуми в България, Франция, Германия, Австрия, Молдова, Гърция, Сърбия и Черна Гора, Македония, Русия, Грузия, Полша, Малта, Португалия. Автор е на близо 300 научни труда, от които 50 монографии и отделни книги. Има около 70 статии в научни чуждестранни издания и на чужди езици, публикувани в България. Изследванията му са издадени на английски, немски, френски, италиански, руски, гръцки, сръбски и румънски език. Има публикувани книги и статии в България, Германия, Съединените американски щати, Австрия, Холандия, Италия, Малта, Полша, Чехия, Гърция, Македония, Сърбия и Черна Гора, Молдова, Грузия.